市民族宗教事务局负责贯彻落实中央关于民族宗教工作的方针政策和省市委决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对民族宗教工作的集中统一领导。主要职责是：
（一）贯彻执行党中央、国务院关于民族宗教工作的方针、政策和有关法律法规，组织开展民族宗教理论、政策和工作重大问题的调查研究，提出有关政策建议。
（二）组织推动民族宗教政策法律法规宣传教育和贯彻落实。承担民族宗教事务行政审批、行政复议和行政诉讼工作。组织协调网络宗教事务管理，规范网络宗教信息服务。协调推动有关部门履行民族宗教工作相关职责。
（三）依法保护少数民族公民的合法权益，组织和承办民族团结进步表彰活动，协助有关部门做好培养选拔少数民族干部工作。
（四）会同有关部门管理少数民族专项资金，做好少数民族扶贫工作。协助有关部门加强对生产销售清真食品的扶持和管理，落实少数民族特需商品的生产和供应工作，参与边疆民族地区的经济技术合作、对口支援工作。
（五）关心支持民族教育工作，协助有关部门做好我市民族学校以及在通院校民族班学生的思想工作和有关服务管理工作。
（六）依法履行宗教事务管理职责，依法保护公民宗教信仰自由和正常的宗教活动。
（七）指导宗教团体依法依章开展活动，引导各宗教坚持中国化方向。支持民族宗教团体加强自身建设，推动民族宗教团体在民族宗教界开展爱国主义、社会主义、拥护祖国统一和民族团结的自我教育，办理民族宗教团体需由政府解决和协调的有关事务。
（八）指导县（市）区民族宗教事务部门依法履行管理职责，协调处理民族宗教事务的重大事项。防范利用宗教进行的非法、违法活动，抵御境外利用宗教进行的渗透活动。
（九）负责对涉及宗教文物、文化的相关管理工作，协调宗教活动场所承办与发展南通宗教文化相关的事宜。
（十）负责宗教方面的对外交流归口管理工作，组织指导全市民族宗教事务部门和宗教界开展对外以及对港澳台的宗教交往活动。
（十一）完成市委市政府、市委统一战线工作部交办的其他任务。