原名药师庵。据明《五山志》记载剑山在明代时就是一座有名的佛山,因奉祀文殊、药师、地藏菩萨而闻名。清末南通状元张謇先生于1926年改建文殊院,并题楹联“无慧剑,有慧剑;非灵山,即灵山。”2000年,剑山文殊院修复一新,庙宇雄伟,气势恢宏。