始建于明崇祯二年(1629年),祀观音大士及文殊、普贤。2002年6月,南通市佛教协会在地方党委、政府和宗教部门的大力支持下,仅用百日,使沉睡百年的军山普陀别院再度充满法喜。修复后的普陀别院由圆通宝殿、翡翠观音楼、钟鼓楼、观音壁画回廊等组成。