南通市福田禅寺建于宋朝中叶，初名碧霞元君祠，兴盛于明清，后寺院改作他用，2001年复建。
多年来，南通市福田禅寺发扬佛教爱国爱教优良传统，秉承 “人间佛教”思想，深入开展“宗教政策法规学习月” 、“教风建设年”、星级场所创建活动，强化人员的持戒意识，建立健全简明完备的议事程序和行事规则，完善各项制度，严格做好教职人员的认定备案工作，场所各项管理规范有序，成为南通市及港闸区重要的对外接待窗口之一，多次被评为南通市文明暨和谐宗教活动场所。2015年被江苏省宗教局评定为“五星级宗教活动场所”。
寺院根据自身特点打造园林式寺院，因地制宜建成了山门天王殿、圆通殿、大雄宝殿、藏经楼、玉佛殿、毗卢阁、钟鼓楼、尊胜石经幢、见山楼、菩提书院、增福楼、印月山房、放生池、东西厢房等建筑，进一步完善寺院功能，为广大信众提供接受佛陀教育的规范场所。寺院加强档案的建设与管理，邀请专业人员到寺指导，并赴相关场所进行学习取经，按照省档案工作三星级标准建立了档案室,为场所管理规范化，推动星级宗教活动场所创建工作奠定了良好的基础。寺院践行人间佛教理念，积极参与社会公益及文化事业，成立了南通市福田寺慈善基金功德会，开展扶贫济困、捐资助学助残、救助大病儿童、看望孤寡老人、资助少数民族学生等活动以回报社会，在社会上产生了一定的影响。